Het Margareta-Maria-Instituut, in 1838 opgericht door de Zusters van de H. Vincentius van Kortemark, verkreeg rechtspersoonlijkheid door publicatie van de statuten in de bijlagen van het Belgisch Staatsblad van 7 januari 1956. De statuten werden voor het laatst gewijzigd op 29 november 2004 (Belgisch Staatsblad dd 2005-01-06) en de samenstelling van de Raad van Bestuur op 19 mei 2006 (Belgisch Staatsblad dd 2006-06-28). Het doel van de vereniging is vrij katholiek secundair onderwijs te verstrekken in overeenstemming met het leergezag van de Katholieke Kerk.
De VZW Margareta-Maria-Instituut organiseert drie secundaire scholen die elk een administratieve entiteit vormen:
De scholen zijn aangesloten bij het Vlaams Verbond voor Katholiek Secundair Onderwijs (VVKSO) waarvan ze de leerplannen en de lessenroosters volgen. De Diocesane Pedagogische Begeleidingsdienst (DPB) staat in voor de begeleiding van de leerkrachten.
De scholen worden gesubsidieerd door de Vlaamse Gemeenschap en geïnspecteerd door het Vlaams Ministerie van Onderwijs en Vorming en maken sinds 1 september 1999 deel uit van de scholengemeenschap HOUTLAND.
Zij zijn verantwoordelijk voor het dagelijks bestuur van de school en van het internaat aan de Handzamestraat. Ze zijn ook gevolmachtigd afgevaardigden van de Raad van Bestuur.

V.l.n.r. dir. Sylvia Maertens, dir. Dirk Laleman, dir. Koen Cornette en dir. Francine François
Plaatselijk verantwoordelijke voor het dagelijks bestuur campus O.-L.-Vrouw van Troost: E.Z. Zuster Margareta Maria (mevr. Rita Suenens)